محمد عمر المختار مولود عام 1921، في منطقة العويلية قرب المرج شرقي ليبيا، وعاش مع والدته ونيسة الجيلاني وبعض من أقاربه، وتعد قبيلته "المنفه" إحدى أكبر قبائل الشرق الليبي.
وغادر ليبيا مع والدته إلي مصر عام 1927، بطلب من أبيه عمر المختار، الذي أراد أن يتفرغ لقتال قوات الاحتلال الإيطالية.
وعاش محمد في مصر 18 عامًا بمدينة الحمام، وتنقل بين مدن سيدي براني ومطروح والإسكندرية وغيرها.
وتلقي نجل عمر المختار تعليمه في مدرسة الشاطبي بمدينة الإسكندرية الساحلية، التي علم أثناء وجوده فيها بإعدام أبيه على يد قوات الاحتلال.
وتزوج محمد مرتين، الأولى من ابنة عمه، عزة الفيومي عام 1942، ولم ينجب منها، ثم توفيت.
عام 1964، تزوج من فاطمة الغرياني، وأنجب منها أطفالا ماتوا صغارا، ليبقى الوحيد الذي يحمل نسل عمر المختار، بعد وفاة أخيه وجميع أقاربه.