الشكوك كانت حول الرئيس الجنرال برويز مشرف حينها بأنه كان جزءا من مؤامرة واسعة لقتل غريمته قبل الانتخابات. وهتف الحشد ومعه ابن بنازير بلوال بوتو فوق منصة قرب قبر امه "قاتل قاتل، مشرف قاتل".
بعد ان وجه اليه القضاء تهمة اغتيال بوتو في 2013، تم اعتبار برويز مشرف "هاربا" وتمت مصادرة ممتلكاته وهو يعيش اليوم في دبي.
وينفي مشرف اي دور في الاحداث التي ادت الى اغتيال بوتو الذي أغرق باكستان في الفوضى لعدة أشهر. ونفى كذلك زعيم طالبان حينها بيعة الله محسود اتهامات النظام الباكستاني له بضلوع حركته في الاعتداء. وقتل بيعة الله محسود في غارة اميركية في 2009.
وفي 2010، اتهمت الامم المتحدة حكومة مشرف بعدم توفير حماية ملائمة لبنازير بوتو. ولم تصدر أحكام في هذه القضية سوى بحق شرطيين حكم على كل منهما بالسجن 17 عاما لانهما "اساءا التعامل مع ساحة الجريمة" التي تم تنظيفها بعد ساعتين من الاغتيال بالماء تحت ضغط عالٍ، الأمر الذي أزال معظم الأدلة.