السبب الدقيق لسرطان البلعوم الأنفي غير معروف، ولكنّ هناك عددًا من العوامل التي يمكن أن تزيد من خطر الإصابة بالحالة المستعصية.
وقد يؤثر النظام الغذائي على خطر الإصابة بالسرطان؛ وهو ما قد يفسر سبب كونه أكثر شيوعًا في أجزاء من آسيا وشمال إفريقيا منه في أوروبا.
ومن الوجبات الغذائية هي الأكثر شيوعًا في بعض هذه المناطق، تلك التي تحتوي على نسبة عالية من الملح واللحوم والأسماك، أو الأطعمة المخللة، ويمكن أن تكون هذه الأطعمة غنية بالنترات والنتريت الذي يتفاعل مع البروتين لتشكيل النتروزامين، وهي مواد كيميائية، يمكن أن تُتلف الحمض النووي.
ويقول خبراء صحة إن سرطان البلعوم الأنفي، هو حالة تتميز بسماع أصوات تأتي من داخل الجسم، وليس من مصدر خارجي.