كما يؤدي التهاب المسالك البولية لدى الذكور أيضاً إلى العقم، حيث تنتشر البكتيريا عبر غدة البروستاتا والبنية الإنجابية الأخرى التي قد تؤدي إلى انخفاض عدد الحيوانات المنوية والحركية..

كما يمكن للعدوى أن تؤثر في مواقع مثل الخصية، البربخ والغدد الجنسية لدى الذكور، وفي بعض الأحيان، قد تؤدي الحالات الصحية الأخرى؛ مثل مرض السكري إلى التهاب المسالك البولية، وقد تؤدي إلى العقم.